醬菜巴氏殺菌機是分為兩種的殺菌方式，一種是水浴式的殺菌一種是噴淋式的殺菌。這兩種殺菌的方式對不同包裝的物料進行殺菌處理。
 

　　醬菜巴氏殺菌機醬的包裝是分為袋裝醬菜的包裝盒瓶裝醬菜的包裝兩種模式，這兩種不同的包裝會采用不同的殺菌方式來完成。
 

　　水浴式的巴氏殺菌是針對袋裝醬菜的巴氏殺菌使用的，水浴式的殺菌溫度是均一性的，殺菌池內額溫度是穩定的，包裝袋的是耐高溫的袋子，會將物料直接的*的浸在殺菌池中進行殺菌的，殺菌的溫度穩定，在殺菌的溫度上和時間上可以自動的控制。
 

　　噴淋的殺菌是針對玻璃瓶的醬菜進殺菌的一種方式，玻璃瓶的特是不能溫度瞬時升高，會影響玻璃瓶的安全性。在玻璃瓶的升溫采用逐漸升溫的方式，降溫采用逐漸降溫的方式。可以保證瓶裝醬菜殺菌的完整性。